Ngày 27/3/1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh ký sắc lệnh số 38 về việc thành lập Nha Thanh niên và thể thao (trước đó có Bộ Thanh niên và thể thao). Người chỉ thị cho: Nha thanh niên và thể thao xúc tiến chuẩn bị thành lập Đoàn Thanh niên Việt Nam nhằm đáp ứng yêu cầu đoàn kết, tập hợp mọi tầng lớp thanh niên Việt Nam phục vụ sự nghiệp “kháng chiến và kiến quốc”. Tháng 6/1946, Tổng đoàn Thanh niên Việt Nam ra đời, sau đổi tên thành Liên đoàn Thanh niên Việt Nam, là một tổ chức rộng rãi cho mọi thanh niên yêu nước tự nguyện đứng vào hàng ngũ của Liên đoàn do Đoàn Thanh niên cứu quốc làm nòng cốt.

Ngay sau khi ra đời, Liên đoàn thanh niên Việt Nam tuyên bố gia nhập mặt trận Việt Minh. Liên đoàn kêu gọi và động viên các tầng lớp thanh niên tham gia các phong trào lớn do Chủ tịch Hồ Chí Minh và Chính phủ đề ra.

Với khẩu hiệu “Tấc đấc, tấc vàng”, Liên đoàn cùng Đoàn thanh niên cứu quốc tổ chức các “Đội sản xuất thanh niên” ở khắp thành thị và nông thôn. Đội sản xuất thanh niên tích cực khai hoang, vỡ hóa, bảo vệ đê điều, trồng cây lương thực ngắn ngày để cứu đói cho đồng bào.

Liên đoàn thanh niên Việt Nam cùng Đoàn thanh niên cứu quốc vận động hàng chục vạn đoàn viên, hội viên trong cả nước tham gia phong trào “Bình dân học vụ”, đi về nông thôn tổ chức dạy học cho người chưa biết chữ. Danh hiệu “Chiến sĩ diệt dốt” được Liên đoàn khen tặng cho các cán bộ, hội viên mở được nhiều lớp dạy chữ.

Liên đoàn thanh niên Việt Nam cùng Đoàn thanh niên cứu quốc vận động hàng vạn cán bộ, đoàn viên, hội viên tham gia xây dựng lực lượng vũ trang của nhà nước cách mạng và phát động phong trào “Nam tiến” sát cánh cùng đồng bào và thanh niên miền Nam chiến đấu chống thực dân Pháp xâm lược.

Trong dịp sang Pháp với tư cách là thượng khách của Chính phủ Pháp, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã giới thiệu về sự ra đời của Liên đoàn thanh niên Việt Nam và những cống hiến của Liên đoàn với Liên đoàn thanh niên dân chủ thế giới (FMJD). Sau đó, Liên đoàn thanh niên Việt Nam được Liên đoàn thanh niên dân chủ thế giới kết nạp là thành viên chính thức từ năm 1946.

Trong thời kỳ kháng chiến chống Pháp, Đoàn Thanh niên được thành lập ở hầu hết các địa phương trong cả nước.

Ngày 07/01/1947 Xứ ủy Nam Bộ đã lãnh đạo Hội nghị thành lập Liên đoàn thanh niên Việt Nam ở Nam Bộ.

Mùa hè năm 1949, tại Hội nghị thanh vận toàn quốc, đồng chí Hoàng Quốc Việt đã truyền đạt chỉ thị của Bác Hồ và đồng chí Tổng Bí thư Trường Chinh về việc củng cố và mở rộng tổ chức Liên đoàn thanh niên Việt Nam.

Cuối năm 1949 cho đến đầu năm 1950, Liên đoàn thanh niên Việt Nam Nam Bộ đã phát động cuộc đấu tranh rộng lớn trong các trường học ở Sài Gòn – Chợ Lớn, mà đỉnh cao là ngày 09/01/1950 với sự hy sinh anh dũng của học sinh Trần Văn Ơn. Tháng 2/1950, trước đòi hỏi của cách mạng và sự lớn mạnh của phong trào thanh niên, Đoàn thanh niên cứu quốc và Liên đoàn thanh niên Việt Nam đã quyết định triệu tập Đại hội đại biểu toàn quốc Liên đoàn thanh niên Việt Nam. Đại hội họp tại huyện Đại Từ (Thái Nguyên) với 500 đại biểu từ mọi miền đất nước, đề ra yêu cầu xây dựng và củng cố liên đoàn, mở rộng phong trào thi đua giết giặc, đẩy mạnh công tác đối ngoại. Đại hội đã hiệp thương anh Nguyễn Chí Thanh – giữ nhiệm vụ Chủ tịch Liên đoàn. Phát biểu tại Đại hội, Chủ tịch Hồ Chí Minh căn dặn phải thực hiện đoàn kết, đại đoàn kết trong phong trào thanh niên, phải giúp đỡ lẫn nhau cùng tiến bộ.

Từ năm 1950 đến 5/1954, Liên đoàn thanh niên Việt Nam đã cùng Đoàn thanh niên cứu quốc phát động các phong trào lớn trong cả nước như: tòng quân giết giặc lập công, đánh du kích, đấu tranh chống khủng bố, áp bức bóc lột trong vùng bị tạm chiếm, đấu tranh chống dịch bắt thanh niên đi lính, chống văn hóa nô dịch. Đặc biệt là Liên đoàn đã cử hàng vạn cán bộ, hội viên tham gia các đội dân công hỏa tuyến, nhất là tham gia các đơn vị thanh niên xung phong, góp phần đắc lực làm nên chiến thắng lịch sử Điện Biên Phủ.